Lấy bối cảnh nước Ý thời hiện đại, Gunslinger girl xoay quanh cuộc giao tranh đẫm máu không ngừng nghỉ giữa chính phủ và tổ chức cánh hữu cực đoan “Pandania” hay còn gọi là “5 phái cộng hòa”. Khi những vụ khủng bố của Pandania bắt đầu leo thang, tập trung vào những khu đô thị đông dân, ngày càng khó dẹp yên; chính quyền Ý tung ra thứ vũ khí bí mật của họ: sát thủ trẻ em.